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长治医学院附属和平医院（第一临床学院）
长治医学院附属和平医院成立于1946年7月1日，前身是中国人民解放军晋冀鲁豫军区白求恩国际和平医院总院。在党中央、毛主席的亲切关怀下，由刘伯承、 邓小平、薄一波等老一辈革命家亲手创建，是一所具有悠久历史和光荣革命传统的红色医院，也是山西省1995年首批通过评审的综合性三级甲等医院。
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长治医学院附属和济医院（第二临床学院）
长治医学院附属和济医院即长治医学院第二临床学院，成立于1999年8月，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的综合性三级甲等医院，为长治医学院临床教学基地及硕士专业学位研究生教学基地。
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长治医学院基础医学部
基础医学部是长治医学院重要的教学、科研基地之一，设立有综合办公室、7个党支部、13个教研室、6个综合实验室以及分工会、分团委等基层组织和机构。现有教职工120人，其中专任教师97人，实验技术人员及教学辅助人员20人，行政管理人员11人（含兼职8人）。教授15人，副教授49人，高级实验师3人；博士25人，硕士62人（在读博士6人）。聘任国家杰出青年科学基金获得者、博士生导师周洁教授为学术主任。
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长治医学院继续教育学院
继续教育学院是长治医学院服务社会的重要桥梁，是构建终身教育体系和学习型社会的重要渠道，继续教育与研究生教育、本科教育一道，共同构成了长治医学院的人才培养体系。我校自1993年开办成人学历教育以来，先后举办了脱产、业余、夜大、函授、自考等多种形式的成人高等医学教育。
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长治医学院医学检验系
长治医学院医学检验专业于2001年5月经教育部批准设立，同年成立医学检验系，开始招收第一届医学检验专业五年制本科生。本着高起点、高标准、立足山西、面向全国的办系理念，依托学院、附属和平医院、附属和济医院雄厚的教学资源和师资力量，吸收和借鉴国内外知名院校医学检验系的办学经验，在学院优先扶持、重点投入、大力支持下，经过17年时间的建设与发展，已完成了前期预定的发展规划，办学条件完善，办学质量良好，各项工作步入了快速发展轨道。
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长治医学院口腔医学系
长治医学院口腔医学系成立于2014年，其前身为口腔医学专业，专业于2001年经国家教育部（原国家教委）批准正式成立，2002年9月开始面向全国招生，学制五年，毕业授予医学学士学位。
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长治医学院护理学系
长治医学院护理学系始于1946年“晋冀鲁豫军区白求恩国际和平医院”总院开办的护士学校，1978年在全国率先恢复护理专科教育，1994年在山西省首家开设护理本科教育，目前在校生1853人，是一个拥有多层次护理学、助产学专门人才培养模式，集教学、科研、社会服务为一体的教育机构。现有护理学和助产学两个本科专业。护理学专业是国家级特色专业建设点、山西省品牌专业、山西省本科一流专业建设点，护理学一级学科是山西省重点扶持学科，拥有山西省精品资源共享课1门，山西省高等学校精品共享线下认定和建设课程各2门。
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长治医学院药学系
药学系始建于2002年，拥有本科和研究生教育多层次药学专门人才培养模式，集教学、科研、社会服务为一体。开设本科专业（药学和中药学）、研究生专业（药学），在校生800余人。设药理学、化学、药剂学、药物化学、药物分析、中药资源与鉴定、临床中药学共7个教研室，设药学综合实验教学中心、中药标本室、药物分子设计与新制剂实验室共3个实验室。实验室面积约1000平方米，拥有液质联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、紫外分光光度计、虚拟仿真实验系统等近1000万的仪器设备。
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长治医学院生物医学工程系
长治医学院生物医学工程系成立于2000年，至今已有20年的发展历程，为社会培养出应用型的毕业生近900名，积累了一定的办学经验，对专业的发展有一定的研究。创立之初，根据我校的办学定位和实际状况，围绕培养“有效管理医疗设施与医学技术”的专业人才为目标，设立了办学宗旨：“立足太行，面向基层，医工结合，培养应用型生物医学工程人才，服务于各级各类医疗卫生机构”。
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长治医学院精神卫生系
精神医学专业的发展从临床医学（精神卫生方向）开始，2007年首次招生。2015年，我校申报本科精神医学专业获批，于当年开始招生，这让我校成为山西省内最先开设精神医学本科专业的医学院校。
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长治医学院人文艺术传媒系
人文艺术传媒系成立于2014年．是学校依据建设特色鲜明、区域领先的教学应用型医学院校奋斗目标积极探索医学融合专业发展的具体实践，也是全面提升大学生整体素质的重要举措。下设“两个专业一个中心”分别为音乐治疗专业、传播学（健康传播方向）专业和艺术教育中心。
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长治医学院健康管理系
长治医学院健康管理系成立于2021年9月。现招收信息管理与信息系统（2003年开始招生）、健康服务与管理（2021年开始招生）、运动康复（2021年开始招生）3个专业的本科生，是长治医学院办学专业最多的院系。
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长治医学院公共卫生与预防医学系
长治医学院公共卫生与预防医学系成立于2012年，经教育部批准，2013年预防医学专业正式招生。预防医学专业是我校为适应医学教育发展要求和健全现代医学（基础、临床、预防）学科体系而新增设的专业。
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长治医学院医学影像学系
长治医学院医学影像学系成立于1995年，医学影像学为山西省首家设置的影像本科五年制专业，2012年被评为长治医学院特色专业建设点，2013年被评为省级特色专业建设点。2012年12月，国务院学位委员会批准我校成为“服务国家特殊需求人才培养项目”--学士学位授予单位培养临床医学硕士专业学位研究生试点工作单位，并于2013年开始首批招录和培养临床医学硕士专业学位研究生。
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长治医学院麻醉学系
长治医学院麻醉学专业是山西省最先开办的麻醉学医学本科专业，创建于2001年。麻醉学系现有专任教师25人，其中正高3人、副高10人，中级11人，初级1人，副教授以上教师为本科生授课率为100%。拥有硕士学位的17人，博士2人，硕士以上学位占专任教师的76%。设5个教研室，10多所省内外教学实习医院。
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