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交通大學為因應二十一世紀知識領域的變遷,以及全球化永續經營之挑戰,在科學領域方面,希望兼顧基礎與實務,著重跨領域基礎科學、分子醫學與生物工程領域之研究,以期於未來創造生物科技產業發展之高峰。加上隨著人類基因圖譜的解讀完成,生物醫學基礎研究與生物科技產業紛紛進入後基因體時代,潮流朝向分子醫學基礎研究及生物工程應用之研究,因此成就了本所成立的機緣。
浙商研究院以浙江省首批哲学社会科学重点研究基地—— “浙商研究中心”和浙商博物馆为基础组建,由浙江工商大学原校长陈寿灿担任负责人。2017年6月,浙商大与浙报集团签订战略合作框架协议,共建浙商智库;2017年7月,被认定为浙江省首批新型高校智库;2018年10月,被认定为浙江省新型重点专业智库。